Några småpojkar som är ute och leker i skogen hittar en död kvinna. Kvinnan har blivit strypt, hennes kläder är sönderrivna och allting tyder på att det är ett sexmord. Den enda ledtråden efter mördaren tycks vara den röda Golf som setts lämna området strax efter mordet. Kvinnans mobiltelefon saknas, och kommissarie Johan Axberg och hans kollegor vid Sundsvallspolisen har inte mycket att gå efter när de tar upp jakten på mördaren.
Samtidigt har Axbergs bäste vän läkaren Erik Jensen fått personliga problem. Äktenskapet med Sara har börjat knaka betänkligt i fogarna och Sara, som har tröttnat på att gå hemma och vara arbetslös, åker på skrivarkurs i Frankrike. Där har hon en affär med en annan, en affär som det visar sig kommer att stå både henne och familjen dyrt ...
Hjärtats mörker är Jonas Moströms tredje kriminalroman om radarparet Johan Axberg och Erik Jensen och utspelar sig liksom de andra två i Sundsvall.